Махны үйлдвэрийн үйл ажиллагааны дотоод хяналт, бүртгэлийн систем нь Мал эмнэлгийн нэгдсэн систем (МЭНС)-тэй шууд уялдан ажилладаг бөгөөд мал эмнэлгийн гэрчилгээний хүрээнд баталгаажсан мал, амьтан, түүхий эд, бүтээгдэхүүний мэдээллийг автоматаар татан авч үйлдвэрийн дотоод бүртгэлд нэгтгэдэг. Ингэснээр мэдээллийг гараар дахин шивэх шаардлага буурч, хүний алдаа гарах эрсдэл багасахаас гадна бүртгэлийн үнэн зөв, шуурхай байдал хангагддаг. Тус систем нь үйлдвэрийн өдөр тутмын үйл ажиллагаанд шаардагдах үндсэн бүртгэлүүдийг цогцоор нь хөтлөх боломжтой. Үүнд түүхий эд хүлээн авалт, анхан шатны шалгалт, ангилалт, агуулахын бүртгэл, дотоод шилжилт хөдөлгөөн, боловсруулалт, сав баглаа боодол, бэлэн бүтээгдэхүүний хадгалалт, гаралт зэрэг үйлдвэрлэлийн үе шат бүрийн мэдээлэл багтана. Ийнхүү мах боловсруулах үйлдвэрийн дотоод процесс бүрийг нэгдсэн системээр хянаснаар түүхий эдээс эцсийн бүтээгдэхүүн хүртэлх мөрдөн мөшгөх чадвар сайжирч, дотоод хяналт, чанарын баталгаажуулалтын түвшин шинэ шатанд гардаг. Мөн тус системийн агуулахын модуль нь үйлдвэрийн түүхий эд, туслах материал, бэлэн бүтээгдэхүүний үлдэгдэл, орлого, зарлага, байршил, хөдөлгөөнийг нарийвчлалтай бүртгэж, бодит цагийн мэдээллээр удирдах боломжийг бүрдүүлдэг. Агуулахын бүртгэлд тулгуурлан түүхий эд, бүтээгдэхүүнтэй холбоотой гарал үүсэл, шилжилт хөдөлгөөн, хадгалалтын мэдээлэл, холбогдох дагалдах баримт бичиг, гэрчилгээг системээс шууд үүсгэх боломжтой байдаг нь үйлдвэрийн үйл ажиллагааг илүү эмх цэгцтэй, хяналттай, ил тод болгодог. Цаашлаад энэхүү систем нь Нэг цонхны системтэй холбогдон ажилласнаар экспортын үйл ажиллагаанд шаардлагатай мэдээлэл, баримт бичгийн урсгалыг цахимаар уялдуулах нөхцөлийг бүрдүүлдэг. Өөрөөр хэлбэл, үйлдвэрийн дотоод бүртгэл, мал эмнэлгийн баталгаажуулалт, агуулахын мэдээлэл, бүтээгдэхүүний гэрчилгээ, экспортын холбогдох өгөгдөл нь харилцан уялдаатай дамжиж, олон байгууллагын оролцоотой үйл ажиллагааг илүү шуурхай, найдвартай зохион байгуулах боломжтой болдог. Энэ нь экспортын бэлтгэл, хяналт шалгалт, гэрчилгээжүүлэлт, хил гаалийн үйл явцад шаардлагатай мэдээллийг нэг мөр, баталгаатай байдлаар бүрдүүлэхэд чухал ач холбогдолтой. Ийнхүү махны үйлдвэрийн дотоод хяналт, бүртгэлийн систем нь зөвхөн үйлдвэрийн дотоод менежментийг сайжруулаад зогсохгүй, МЭНС, Нэг цонхны систем болон бусад холбогдох үндэсний хэмжээний платформуудтай уялдан ажилласнаар мах, махан бүтээгдэхүүний гарал үүсэл, аюулгүй байдал, мөрдөн мөшгөх тогтолцоог бэхжүүлэх стратегийн ач холбогдолтой дэд бүтэц болж байна. Энэ нь дотоодын зах зээл болон экспортын шаардлагыг зэрэг хангах, хүнсний аюулгүй байдлыг баталгаажуулах, төрийн хяналт зохицуулалтыг үр ашигтай хэрэгжүүлэх, олон улсын шаардлагад нийцсэн мэдээллийн урсгалыг бий болгоход бодитой хувь нэмэр оруулж байна.