Махны үйлдвэрийн үйл ажиллагааны дотоод хяналт бүртгэлийн систем нь МЭНС-тэй шууд холбогдон ажилладаг бөгөөд мал эмнэлгийн гэрчилгээнээс мал, амьтан болон бүтээгдэхүүний мэдээллийг татаж, дотоод бүртгэл рүү оруулдаг. Махны үйлдвэрийн дотоод бүртгэл нь агуулахын модулиасаа гадагш түүхий эд, бүтээгдэхүүнийн гэрчилгээ гаргах боломжтой юм. Цаашлаад тус систем нь Нэг цонхны системтэй холбогдож, экспортын үйл ажиллагаанд оролцдог.